Két korosztályban is nyerni tudott az FK Csíkszereda a Székely-Magyar utánpótlás tornán.
A piros-feketék mindkét döntőben az UTE Labdarúgó Akadémiával mérkőztek és, ha nehezen is, de egy góllal jobbnak bizonyultak. A 2007-2008-as korosztályban csapatunk a bronzéremért játszott, de az végül Kézdivásárhelyre került. Ime az eredmények:
2005/2006 korosztály
Döntő: FK Csíkszereda – UTE Labdarúgó Akadémia 1:0
Gólszerző: Demeter Hunor.
FK Csíkszereda: Becze Mátyás, Török Dávid, Csedő Szilárd, Tamás Bence, Balázs Vince, Balogh Szilárd, Vizi Benedek, Ureche Alex, Demeter Hunor, Kovács Erik, Cadar Eduard, Török Hunor. Edzők: Bajkó Barna és Bilibók Péter.
Legjobb kapus: Becze Mátyás.
2007/2008 korosztály
Kisdöntő: FK Csíkszereda – KSE Kézdivásárhely 1:2
Gólszerző: Pál Mátyás.
FK Csíkszereda: Deáky Zsombor, Szabó Tamás, Anton Dávid, Szép Dávid, Brügger Dániel, Pál Mátyás, Kozma Krisztián, Szígyártó Ádám, Ambrus Szabolcs, Ferencz Előd, Jánó Örs, Petres Zalán, Szatmáry Alpár. Edzők: Antal Szilamér és Bokor Zoltán.
2009/2010 korosztály
Döntőben: FK Csíkszereda – UTE Labdarúgó Akadémia 4:3
Gólszerzők: Nyegre Kund 2, Bíró Botond, Máthé Apor.
Gólkirály: Máthé Apor.
FK Csíkszereda: Karda Hunor, Sajgó Kristóf, Țurcă Dragoș, Nyegre Kund, Máthé Apor, Keresztes Alex, Lukács Gergő, Hella Fehér Dániel, Ambrus Lukács, Bíró Botond, Lukács Bence, Keresztes Tamás. Edzők: Incze Tibor és Kovács Tamás.
