Istoria fotbalului din Miercurea Ciuc datează din 1904, potrivit unui articol din ziar din 25 iunie, există dovezi scrise că „Duminică, 19 a acestei luni, clubul de fotbal Miercurea Ciuc a fost înființat în orașul nostru pe fondul unui mare interes”. La început, sportul a fost practicat la nivel amator, fără rezultate serioase.
În 1919 și-au schimbat numele în Asociația de Educație Fizică Csíkszereda, în 1943-44 au debutat în linia a treia a Campionatului Național al Ungariei, apoi în 1944-45 în Campionatul Național II.
Din cel de-al Doilea Război Mondial, Csíkszereda nu a mai jucat în liga maghiară, iar după aceea, în timpul comunismului, a devenit din ce în ce mai greu să intri într-o echipă cu nume maghiar în diferitele ligi. Toate acestea s-au întâmplat în ciuda faptului că au debutat în campionatul Regiunii Autonome Ungare. Până în 1971, Csíkszereda a jucat în clasa D, apoi a continuat în clasa C sub numele de AS Miercurea Ciuc în 1971-72 și a petrecut trei sezoane în linia a treia până în 1976. De atunci, numele echipei de fotbal din Csíkszereda a luat întotdeauna numele sponsorului dat, așa că, de exemplu, timp de două sezoane au început ca IUPS (Întreprinderea de Utilaje și Piese de Schimb). Acesta a fost urmat de numele Tractorul între 1978 și 1987, după ce fabrica de tractoare din Csikszereda a devenit sponsorul principal al echipei.
Au marcat în divizia a treia timp de cinci sezoane, pe locul 7 în 1978–79, pe locul 14 în 1979–80, pe locul 6 în 1980–81, pe locul 7 în 1981–82 și pe locul 16 în 1982–83. Au terminat pe locul 1, așa că au fost eliminați. . După cinci ani, în 1988, a fost promovată din nou în divizia a treia, dar apoi sub numele de Rapid. În acel sezon, formația din Csík a terminat pe locul trei în clasament, așa că pentru prima dată de la start a fost aproape de a avansa pe linia a doua. Sezonul următor nu a mers atât de bine, au terminat pe locul 14 în liga cu 16 echipe și au retrogradat din nou.
- În anii nouăzeci, echipa din Csíki a petrecut cinci ani în clasa D și cinci ani în clasa C. După 2000, fotbalul din Csikszereda a căzut într-o stare profundă, din lipsă de suporteri, echipa practic s-a prăbușit de la o zi la alta.
- Linia de salvare a venit în 2010, când echipa a continuat să funcționeze ca o divizie a Clubului Sportiv Csíkszereda City și, până în 2012, a terminat mai întâi pe locul doi și apoi pe primul loc în campionatul județean.
- În vara anului 2012 a avut loc o altă schimbare de nume în viața clubului, când a luat numele FK Csíkszereda și după ce au câștigat pentru a treia oară consecutiv campionatul județean Hargita, au reușit să câștige și clasamentul, așa că Csíkszereda a câștigat din nou divizia a treia. Tot în acest an, FK Csíkszereda a încheiat un parteneriat profesional cu Academia de Fotbal Ferenc Puskás și a fost înființată Academia de Fotbal Székelyföld.
- În sezonul 2014-15, echipa a terminat pe locul 6, în 2015-16, pe locul 5, în 2016-17, pe locul trei, în 2017-18, pe locul doi.a fost cea mai bună perioadă din istorie de până acum, pentru că acesta a fost sezonul în care FK Csíkszereda a câștigat divizia a treia și a fost promovat în liga a doua pentru prima dată în 115 ani!
- De menționat și progresul echipei în Cupa României, în sezonul 2018-19, când a ajuns în primii opt după ce și-a luat rămas bun de la Szászhermány, Bákó, Energeticianul și București Dinamo. În sferturile de finală, echipa din prima ligă a Universității Craiova a stat în calea noastră.