A csíkszeredai labdarúgás történelme 1904-ig nyúlik vissza, egy június 25. újságcikk szerint ugyanis írásos bizonyíték van arról, hogy “Nagy érdeklődés mellett alakult meg városunkban e hó 19-én vasárnap a csikszeredai foot-ball klub.” Kezdetben amatőr szinten űzték a sportágat, komolyabb eredmények nélkül.
1919-ben Csíkszeredai Testnevelési Egylet névre váltottak, 1943-44-ben a Magyar Nemzeti Bajnokság harmadik vonalában, majd 1944-45-ben a Nemzeti Bajnokság II-ben indultak.
A második világháború óta Csíkszereda nem játszott a magyar bajnokságban és ezt követően a kommunizmus idején egyre nehezebb volt magyar nevű együttessel nevezni a különböző bajnokságokba. Történt mindez annak ellenére, hogy a Magyar Autonóm Tartomány bajnokságában indultak. 1971-ig Csíkszereda a D osztályban szerepelt, majd AS Miercurea Ciuc néven 1971-72-ben a C osztályban folytatta és 1976-ig három idényt töltöttek a harmadik vonalban. Innentől kezdve a csíkszeredai focicsapat neve mindig az adott támogató nevét vette fel, így például két szezonon keresztül IUPS (Întreprinderea de Utilaje și Piese de Schimb) néven indultak. Ezt követte 1978 és 1987 között a Tractorul megnevezés, miután a csapat főtámogatója a csíkszeredai traktorgyár lett.
Öt idényen keresztül a harmadosztályban pontoztak, 1978–79-ben 7. helyen, 1979–80-ban 14. helyen, 1980–81-ben 6. helyen, 1981–82-ben 7. helyen és 1982–83-ban 16. helyen végeztek, így kiestek. Öt év után, 1988-ban sikerült ismét feljutni a harmadosztályba, de ekkor már Rapid néven. Abban az idényben a csíki csapat a rangsor harmadik helyén végzett, így indulása óta először állt közel a második vonalba való feljutáshoz. A következő szezon már nem sikerült ilyen jól, a 16 csapatos bajnokságban a 14. helyen végeztek és ismét kiestek.
- A kilencvenes években a csíki csapat öt évet a D osztályban és öt évet a C osztályban töltött. 2000 után a csíkszeredai foci mélyre került, támogatók hiányában a csapat gyakorlatilag tengődött egyik napról a másikra.
- A mentőövet a 2010-es év jelentette, amikor a csapat a Csíkszeredai Városi Sport Klub szakosztályaként működött tovább és 2012-ig előbb második, majd első helyen végzett a megyei bajnokságban.
- 2012 nyarán a klub életében újabb névváltoztatás következett be, ekkor vette fel az FK Csíkszereda nevet és miután sorozatban harmadszor nyerték meg a Hargita megyei bajnokságot, sikerült az osztályozót is megnyerni, így Csíkszereda ismét ki vívta a harmadosztályos szereplést. Ugyancsak ebben az évben az FK Csíkszereda szakmai partnerséget kötött a Puskás Ferenc Labdarúgó Akadémiával és létrejött a Székelyföld Labdarúgó Akadémia.
- A 2014-15-ös idényben 6. helyen, 2015-16-ban 5. helyen, 2016-17-ben harmadik helyen, 2017-18-ban második helyen végzett a csapat, majd a 2018-19-es idény a csíkszeredai futball történelem eddigi legjobb időszaka volt, ez volt az a szezon ugyanis, amikor az FK Csíkszereda megnyerte a harmadosztályt és 115 év után először feljutott a második ligába!
- Szintén említésre méltó a csapat Románia Kupában elért menetelése, a 2018-19-es idényben, amikor a Szászhermány, Bákó, az Energeticianul és a Bukaresti Dinamo csapatát búcsúztatva, bejutott a legjobb nyolc közé. A negyeddöntőben az Universitatea Craiova első ligás alakulata állta útját a mieinknek.